Die Entstehung der Anatomischen Sammlung in Jena geht auf Carl August von Sachsen-Weimar und seinen Minister Johann Wolfgang von Goethe zurück. Der Herzog ließ 1779 im Jenaer Schloss ein Museum aus Naturalien, Büchern und Kunstgegenständen einrichten. Den Grundstock dafür bildeten Stücke aus der herzoglichen Kunstkammer und die eigens angekaufte Sammlung des verstorbenen Universalgelehrten Johann Ernst Immanuel Walch.
Mit der Aufsicht über das botanisch-mineralogisch-anatomische Naturalienkabinett wurde der herzogliche Leibarzt Justus Christian Loder betraut. Er gilt als der bedeutendste deutsche Anatom seiner Zeit und wirkte ab 1778 als Professor für Anatomie und Chirurgie in Jena. Auch Goethe ließ sich von Loder im Sezieren und Präparieren anleiten, wovon die in der Sammlung noch vorhandenen "Goethe-Präparate" Zeugnis ablegen. Für seinen akademischen Unterricht trug Loder über die Jahre mehrere tausend menschliche und tierische Präparate sowie medizinische Instrumente zusammen, die er allerdings mit sich nahm, als er Jena 1803 verließ.
In der Folge wurde eine Herzogliche Anatomische Sammlung aufgebaut, die zur Nutzung durch die Universität in Jena verbleiben musste. Der jeweilige Leiter des Anatomischen Instituts war für ihre Vermehrung und Bewahrung verantwortlich. Erster Sammlungsbetreuer war Johann Friedrich Fuchs. Zusammen mit dem Prosektor Carl Ludwig Homburg vermehrte er die Sammlung vor allem um Präparate aus dem laufenden Sektionsbetrieb des Anatomischen Theaters. Auch wurden zwei private Sammlungen angekauft: 1805 der Nachlass des jung verstorbenen Medizindozenten Franz Heinrich Martens sowie 1820 die Sammlung des Herzoglichen Leibarztes und Medizinprofessors Johann Christian Stark des Älteren. In dieser frühen Phase wurden mehrere Sammlungskataloge erstellt, die bis heute erhalten sind.
Von Fuchs ging die Sammlungsaufsicht 1827 auf Emil Huschke über. Nachdem Goethe ihn schriftlich genauestens über den Aufbau und die Betreuung der Anatomischen Sammlung unterrichtet hatte, sorgte er fast 40 Jahre lang für deren Erhalt und Wachstum. Huschkes Forschungsinteressen, beispielsweise Embryologie und Schädelvermessung, sind bis heute am Sammlungsbestand ablesbar.
1858 bis 1938: Vergleichend-anatomische Lehrsammlung
1858 erfolgte der Umzug der menschlich-anatomischen, zoologischen und osteologischen Sammlungen aus dem Jenaer Schloss in das bis heute genutzte Anatomiegebäude am Teichgraben 7. Er ging mit einer gründlichen Durchsicht und auch Ausmusterung vieler Sammlungsstücke einher, zugleich wurden noch unter Huschke neue Sammlungsverzeichnisse angelegt. Erstmals waren die Bestände nach mehreren Abteilungen sortiert, die dem sich ausdifferenzierenden Lehrbetrieb Rechnung trugen, darunter eine sogenannte „Raçenschädel“-Sammlung, in der auch Gebeine von Opfern des europäischen Kolonialismus gesammelt wurden.
Neuer Sammlungsverantwortlicher wurde der vor allem als bedeutender Evolutionsmorphologe bekannte Carl Gegenbaur. Gemäß seinem Arbeitsgebiet reorganisierte und vervollständigte er das anthropotomisch-zoologische Kabinett mit einem Schwerpunkt auf der vergleichenden Anatomie. Zudem setzte er sich für die Berufung Ernst Haeckels als Professor für Zoologie ein, womit diese Disziplin sich endgültig vom Lehrstuhl der Anatomie ablöste. 1873 übernahm Gustav Schwalbe für wenige Jahre die Institutsleitung, als Prosektor war der spätere Anatomieprofessor Karl von Bardeleben tätig.
Im Jahr 1881 wurde der Anatom und Entwicklungsbiologe Oscar Hertwig Institutsdirektor. Er begann mit dem Aufbau einer institutseigenen Sammlung mikroskopisch-histologischer Präparate und führte Projektionsgeräte als Lehrmittel im Unterricht ein, wovon heute unter anderem ein Bestand an historischen Glasdias zeugt. Sein Nachfolger Max Fürbringer war Gegenbaur-Schüler und forschte insbesondere zur Anatomie der Vögel. Seine guten Kontakte zu Zoologischen Gärten in Deutschland, besonders aber der Ankauf der zoologischen Sammlung des Naturforschers Karl Theodor Liebe 1896, vermehrten das Anatomische Kabinett um zahlreiche Tierskelette aus aller Welt.
Mit Beginn des neuen Jahrhunderts wurde das anthropotomisch-zoologische Kabinett aus dem Eigentum des Großherzogtums Sachsen an die Universität Jena übergeben. Der Anatomieprofessor Friedrich Maurer nahm sich der Sammlung mit sachkundiger Fürsorge an und setzte als Schüler Gegenbaurs und Freund Haeckels die vergleichend-anatomische Tradition in Jena fort. Neuer Prosektor wurde für die nächsten 20 Jahre Heinrich von Eggeling. In diese Zeit fällt nicht nur die Sektion des Gehirns von Ernst Haeckel, wovon ein Zinnabguss in der Sammlung existiert, sondern auch die Forschung an getöteten Herero aus der damaligen Kolonie Deutsch-Südwestafrika.
Auf Maurer folgte 1932 Hans Böker, der ebenfalls als vergleichender Anatom arbeitete und die biologische Morphologie entwickelte. Als großer Verehrer Goethes richtete er den bis heute vorhandenen sogenannten „Zwischenkiefer-Schrank“ zur Erläuterung der anatomisch-morphologischen Studien Goethes ein. Obwohl Böker ab 1934 Mitglied der NSDAP und weiterer nationalsozialistischer Organisationen war, blieben seine wissenschaftlichen Überzeugungen mit der NS-Ideologie nur schwer vereinbar.
-> Geschichte des Institutes unter der NS-Herrschaft (1933-1945)
